superpathway of geranylgeranyldiphosphate biosynthesis I (via mevalonate)

Metabolites

Cholesterol

Formula: C27H46O (386.3548466)

CAS ID: 57-88-5

CO2

Formula: CO2 (43.98983)

CAS ID: 124-38-9

Diphosphate

Formula: H4P2O7 (177.9432294)

CAS ID: 2466-09-3

H+

Formula: H (1.0078246)

CAS ID: 12408-02-5

H2O

Formula: H2O (18.0105642)

CAS ID: 7732-18-5

Magnesium cation

Formula: Mg (23.98505)

CAS ID: 22537-22-0

Potassium cation

Formula: K (38.963708)

CAS ID: 24203-36-9

Sodium cation

Formula: Na (22.98977)

CAS ID: 17341-25-2

(R)-mevalonate

Formula: C6H11O4 (147.0657306)

CAS ID: 1192-42-3

(3S)-3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA(5-)

Formula: C27H39N7O20P3S (906.1183384)

CAS ID:

2-trans,6-trans,10-trans-geranylgeranyl diphosphate(3-)

Formula: C20H33O7P2 (447.1701428)

CAS ID:

NADPH(4-)

Formula: C21H26N7O17P3 (741.0598016)

CAS ID: 53-57-6

ATP(4-)

Formula: C10H12N5O13P3 (502.9644492)

CAS ID:

isopentenyl diphosphate(3-)

Formula: C5H9O7P2 (242.9823524)

CAS ID:

ADP(3-)

Formula: C10H12N5O10P2 (424.0059412)

CAS ID:

NADP(3-)

Formula: C21H25N7O17P3 (740.051977)

CAS ID: 53-59-8



Enzyme

EC Number name full name note
2.5.1.-
1.1.1.34 hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) (R)-mevalonate:NADP+ oxidoreductase (CoA-acylating)
2.3.1.9 acetyl-CoA C-acetyltransferase acetyl-CoA:acetyl-CoA C-acetyltransferase
2.3.3.10 hydroxymethylglutaryl-CoA synthase acetyl-CoA:acetoacetyl-CoA C-acetyltransferase (thioester-hydrolysing, carboxymethyl-forming)
2.5.1.1 dimethylallyltranstransferase prenyl-diphosphate:3-methylbut-3-en-1-yl-diphosphate prenyltranstransferase
2.5.1.10 (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase geranyl-diphosphate:isopentenyl-diphosphate geranyltranstransferase
2.5.1.29 geranylgeranyl diphosphate synthase (2E,6E)-farnesyl-diphosphate:isopentenyl-diphosphate farnesyltranstransferase
2.7.1.36 mevalonate kinase ATP:(R)-mevalonate 5-phosphotransferase
2.7.4.2 phosphomevalonate kinase ATP:(R)-5-phosphomevalonate phosphotransferase
4.1.1.33 diphosphomevalonate decarboxylase ATP:(R)-5-diphosphomevalonate carboxy-lyase (adding ATP; isopentenyl-diphosphate-forming)
5.3.3.2 isopentenyl-diphosphate DELTA-isomerase 3-methylbut-3-en-1-yl-diphosphate DELTA3-DELTA2-isomerase


Pathway Source

Organism Taxonomy Group Enzyme List Source Ratio
Penicillium glabrum MAGs 1.1.1.34 / 2.3.1.9 / 2.3.3.10 / 2.5.1.- / 2.5.1.1 / 2.5.1.10 / 2.5.1.29 / 2.7.1.36 / 2.7.4.2 / 4.1.1.33 / 5.3.3.2 100.00%
Aspergillus udagawae fungi 1.1.1.34 / 2.3.1.9 / 2.3.3.10 / 2.5.1.- / 2.5.1.1 / 2.5.1.10 / 2.5.1.29 / 2.7.1.36 / 2.7.4.2 / 4.1.1.33 / 5.3.3.2 100.00%
Saccharomyces paradoxus fungi 1.1.1.34 / 2.3.1.9 / 2.3.3.10 / 2.5.1.- / 2.5.1.1 / 2.5.1.10 / 2.5.1.29 / 2.7.1.36 / 2.7.4.2 / 4.1.1.33 / 5.3.3.2 100.00%
Rattus norvegicus vertebrate_mammalian 1.1.1.34 / 2.3.1.9 / 2.3.3.10 / 2.5.1.- / 2.5.1.1 / 2.5.1.10 / 2.5.1.29 / 2.7.1.36 / 2.7.4.2 / 4.1.1.33 / 5.3.3.2 100.00%
Saccharomyces pastorianus MAGs 1.1.1.34 / 2.3.1.9 / 2.3.3.10 / 2.5.1.- / 2.5.1.1 / 2.5.1.10 / 2.5.1.29 / 2.7.1.36 / 2.7.4.2 / 4.1.1.33 / 5.3.3.2 100.00%
Aspergillus tubingensis fungi 1.1.1.34 / 2.3.1.9 / 2.3.3.10 / 2.5.1.- / 2.5.1.1 / 2.5.1.10 / 2.5.1.29 / 2.7.1.36 / 2.7.4.2 / 4.1.1.33 / 5.3.3.2 100.00%
Aspergillus parasiticus MAGs 1.1.1.34 / 2.3.1.9 / 2.3.3.10 / 2.5.1.- / 2.5.1.1 / 2.5.1.10 / 2.5.1.29 / 2.7.1.36 / 2.7.4.2 / 4.1.1.33 / 5.3.3.2 100.00%
Mus musculus vertebrate_mammalian 1.1.1.34 / 2.3.1.9 / 2.3.3.10 / 2.5.1.- / 2.5.1.1 / 2.5.1.10 / 2.5.1.29 / 2.7.1.36 / 2.7.4.2 / 4.1.1.33 / 5.3.3.2 100.00%
Aspergillus viridinutans fungi 1.1.1.34 / 2.3.1.9 / 2.3.3.10 / 2.5.1.- / 2.5.1.1 / 2.5.1.10 / 2.5.1.29 / 2.7.1.36 / 2.7.4.2 / 4.1.1.33 / 5.3.3.2 100.00%
Aspergillus flavus fungi 1.1.1.34 / 2.3.1.9 / 2.3.3.10 / 2.5.1.- / 2.5.1.1 / 2.5.1.10 / 2.5.1.29 / 2.7.1.36 / 2.7.4.2 / 4.1.1.33 / 5.3.3.2 100.00%
Aspergillus niger fungi 1.1.1.34 / 2.3.1.9 / 2.3.3.10 / 2.5.1.- / 2.5.1.1 / 2.5.1.10 / 2.5.1.29 / 2.7.1.36 / 2.7.4.2 / 4.1.1.33 / 5.3.3.2 100.00%
Aspergillus thermomutatus fungi 1.1.1.34 / 2.3.1.9 / 2.3.3.10 / 2.5.1.- / 2.5.1.1 / 2.5.1.10 / 2.5.1.29 / 2.7.1.36 / 2.7.4.2 / 4.1.1.33 / 5.3.3.2 100.00%
Penicillium crustosum fungi 1.1.1.34 / 2.3.1.9 / 2.3.3.10 / 2.5.1.- / 2.5.1.1 / 2.5.1.10 / 2.5.1.29 / 2.7.1.36 / 2.7.4.2 / 4.1.1.33 / 5.3.3.2 100.00%
Penicillium brevicompactum fungi 1.1.1.34 / 2.3.1.9 / 2.3.3.10 / 2.5.1.- / 2.5.1.1 / 2.5.1.10 / 2.5.1.29 / 2.7.1.36 / 2.7.4.2 / 4.1.1.33 / 5.3.3.2 100.00%
Penicillium canescens fungi 1.1.1.34 / 2.3.1.9 / 2.3.3.10 / 2.5.1.- / 2.5.1.1 / 2.5.1.10 / 2.5.1.29 / 2.7.1.36 / 2.7.4.2 / 4.1.1.33 / 5.3.3.2 100.00%
Penicillium vulpinum fungi 1.1.1.34 / 2.3.1.9 / 2.3.3.10 / 2.5.1.- / 2.5.1.1 / 2.5.1.10 / 2.5.1.29 / 2.7.1.36 / 2.7.4.2 / 4.1.1.33 / 5.3.3.2 100.00%
Aspergillus caelatus fungi 1.1.1.34 / 2.3.1.9 / 2.3.3.10 / 2.5.1.- / 2.5.1.1 / 2.5.1.10 / 2.5.1.29 / 2.7.1.36 / 2.7.4.2 / 4.1.1.33 / 5.3.3.2 100.00%
Homo sapiens vertebrate_mammalian 1.1.1.34 / 2.3.1.9 / 2.3.3.10 / 2.5.1.- / 2.5.1.1 / 2.5.1.10 / 2.5.1.29 / 2.7.1.36 / 2.7.4.2 / 4.1.1.33 / 5.3.3.2 100.00%
Aspergillus leporis MAGs 1.1.1.34 / 2.3.1.9 / 2.3.3.10 / 2.5.1.- / 2.5.1.1 / 2.5.1.10 / 2.5.1.29 / 2.7.1.36 / 2.7.4.2 / 4.1.1.33 / 5.3.3.2 100.00%
Aspergillus oryzae fungi 1.1.1.34 / 2.3.1.9 / 2.3.3.10 / 2.5.1.- / 2.5.1.1 / 2.5.1.10 / 2.5.1.29 / 2.7.1.36 / 2.7.4.2 / 4.1.1.33 / 5.3.3.2 100.00%