Gluconeogenesis from L-Malic Acid

Metabolites

(S)-Malate

Formula: C4H6O5 (134.0215226)

CAS ID: 97-67-6

ADP

Formula: C10H15N5O10P2 (427.02941500000003)

CAS ID: 58-64-0

AMP

Formula: C10H14N5O7P (347.06308240000004)

CAS ID: 61-19-8

ATP

Formula: C10H16N5O13P3 (506.9957476)

CAS ID: 56-65-5

beta-D-Glucose 6-phosphate

Formula: C6H13O9P (260.0297178)

CAS ID: 15209-12-8

CO2

Formula: CO2 (43.98983)

CAS ID: 124-38-9

Glyceraldehyde 3-phosphate

Formula: C3H7O6P (169.9980252)

CAS ID: 591-59-3

Glycerate 3-phosphate

Formula: C3H7O7P (185.9929402)

CAS ID: 820-11-1

Glycerone phosphate

Formula: C3H7O6P (169.9980252)

CAS ID: 57-04-5

H+

Formula: H (1.0078246)

CAS ID: 12408-02-5

H2O

Formula: H2O (18.0105642)

CAS ID: 7732-18-5

NAD+

Formula: C21H28N7O14P2 (664.1169428000001)

CAS ID: 53-84-9

NADH

Formula: C21H29N7O14P2 (665.1247674)

CAS ID: 58-68-4

NADP+

Formula: C21H29N7O17P3 (744.0832754)

CAS ID: 53-59-8

Oxaloacetate

Formula: C4H4O5 (132.00587339999998)

CAS ID: 328-42-7

Phosphoenolpyruvate

Formula: C3H5O6P (167.98237600000002)

CAS ID: 138-08-9

Pyruvate

Formula: C3H4O3 (88.0160434)

CAS ID: 127-17-3

2-Phosphoglyceric acid

Formula: C3H7O7P (185.9929402)

CAS ID: 2553-59-5

Fructose-1,6-diphosphate

Formula: C6H14O12P2 (339.9960504)

CAS ID: 34693-23-7

phosphate(3-)

Formula: O4P (94.953423)

CAS ID: 14265-44-2



Enzyme

EC Number name full name note
1.1.1.38 malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (S)-malate:NAD+ oxidoreductase (oxaloacetate-decarboxylating)
1.1.1.40 malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+) (S)-malate:NADP+ oxidoreductase (oxaloacetate-decarboxylating)
1.2.1.12 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) D-glyceraldehyde-3-phosphate:NAD+ oxidoreductase (phosphorylating)
2.7.2.3 phosphoglycerate kinase ATP:3-phospho-D-glycerate 1-phosphotransferase
2.7.9.2 pyruvate, water dikinase ATP:pyruvate,water phosphotransferase
3.1.3.11 fructose-bisphosphatase D-fructose-1,6-bisphosphate 1-phosphohydrolase
3.1.3.74 pyridoxal phosphatase pyridoxal-5'-phosphate phosphohydrolase
4.1.1.49 phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) ATP:oxaloacetate carboxy-lyase (transphosphorylating; phosphoenolpyruvate-forming)
4.1.2.13 fructose-bisphosphate aldolase D-fructose-1,6-bisphosphate D-glyceraldehyde-3-phosphate-lyase (glycerone-phosphate-forming)
4.2.1.11 phosphopyruvate hydratase 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase (phosphoenolpyruvate-forming)
5.3.1.1 triose-phosphate isomerase D-glyceraldehyde-3-phosphate aldose-ketose-isomerase
5.3.1.9 glucose-6-phosphate isomerase alpha-D-glucose-6-phosphate aldose-ketose-isomerase (configuration-inverting)
5.4.2.12 phosphoglycerate mutase (2,3-diphosphoglycerate-independent) D-phosphoglycerate 2,3-phosphomutase (2,3-diphosphoglycerate-independent)


Pathway Source

Organism Taxonomy Group Enzyme List Source Ratio
Escherichia coli K-12 MAGs 1.1.1.38 / 1.1.1.40 / 1.2.1.12 / 2.7.2.3 / 2.7.9.2 / 3.1.3.11 / 3.1.3.74 / 4.1.1.49 / 4.1.2.13 / 4.2.1.11 / 5.3.1.1 / 5.3.1.9 / 5.4.2.12 100.00%
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 MAGs 1.1.1.38 / 1.1.1.40 / 1.2.1.12 / 2.7.2.3 / 2.7.9.2 / 3.1.3.11 / 3.1.3.74 / 4.1.1.49 / 4.1.2.13 / 4.2.1.11 / 5.3.1.1 / 5.3.1.9 / 5.4.2.12 100.00%
Shewanella denitrificans OS217 MAGs 1.1.1.38 / 1.1.1.40 / 1.2.1.12 / 2.7.2.3 / 2.7.9.2 / 3.1.3.11 / 4.1.1.49 / 4.1.2.13 / 4.2.1.11 / 5.3.1.1 / 5.3.1.9 / 5.4.2.12 92.31%
Vibrio vulnificus CMCP6 MAGs 1.1.1.38 / 1.1.1.40 / 1.2.1.12 / 2.7.2.3 / 2.7.9.2 / 3.1.3.11 / 4.1.1.49 / 4.1.2.13 / 4.2.1.11 / 5.3.1.1 / 5.3.1.9 / 5.4.2.12 92.31%
Shewanella frigidimarina NCIMB 400 MAGs 1.1.1.38 / 1.1.1.40 / 1.2.1.12 / 2.7.2.3 / 2.7.9.2 / 3.1.3.11 / 4.1.1.49 / 4.1.2.13 / 4.2.1.11 / 5.3.1.1 / 5.3.1.9 / 5.4.2.12 92.31%
Shewanella amazonensis SB2B MAGs 1.1.1.38 / 1.1.1.40 / 1.2.1.12 / 2.7.2.3 / 2.7.9.2 / 3.1.3.11 / 4.1.1.49 / 4.1.2.13 / 4.2.1.11 / 5.3.1.1 / 5.3.1.9 / 5.4.2.12 92.31%
Shewanella baltica OS155 MAGs 1.1.1.38 / 1.1.1.40 / 1.2.1.12 / 2.7.2.3 / 2.7.9.2 / 3.1.3.11 / 4.1.1.49 / 4.1.2.13 / 4.2.1.11 / 5.3.1.1 / 5.3.1.9 / 5.4.2.12 92.31%
Thermus thermophilus HB27 MAGs 1.1.1.38 / 1.1.1.40 / 1.2.1.12 / 2.7.2.3 / 2.7.9.2 / 3.1.3.11 / 4.1.1.49 / 4.1.2.13 / 4.2.1.11 / 5.3.1.1 / 5.3.1.9 / 5.4.2.12 92.31%
Haloferax volcanii DS2 MAGs 1.1.1.38 / 1.1.1.40 / 1.2.1.12 / 2.7.2.3 / 2.7.9.2 / 3.1.3.11 / 4.1.2.13 / 4.2.1.11 / 5.3.1.1 / 5.3.1.9 / 5.4.2.12 84.62%
Psychromonas ingrahamii 37 MAGs 1.1.1.38 / 1.1.1.40 / 1.2.1.12 / 2.7.2.3 / 3.1.3.11 / 4.1.1.49 / 4.1.2.13 / 4.2.1.11 / 5.3.1.1 / 5.3.1.9 / 5.4.2.12 84.62%
Pseudomonas entomophila L48 MAGs 1.1.1.40 / 1.2.1.12 / 2.7.2.3 / 2.7.9.2 / 3.1.3.11 / 4.1.1.49 / 4.1.2.13 / 4.2.1.11 / 5.3.1.1 / 5.3.1.9 / 5.4.2.12 84.62%
Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida MAGs 1.1.1.38 / 1.2.1.12 / 2.7.2.3 / 2.7.9.2 / 3.1.3.11 / 4.1.1.49 / 4.1.2.13 / 4.2.1.11 / 5.3.1.1 / 5.3.1.9 / 5.4.2.12 84.62%
Bacillus cereus ATCC 14579 MAGs 1.1.1.38 / 1.2.1.12 / 2.7.2.3 / 2.7.9.2 / 3.1.3.11 / 4.1.1.49 / 4.1.2.13 / 4.2.1.11 / 5.3.1.1 / 5.3.1.9 / 5.4.2.12 84.62%
Colwellia psychrerythraea 34H MAGs 1.1.1.38 / 1.2.1.12 / 2.7.2.3 / 2.7.9.2 / 3.1.3.11 / 4.1.1.49 / 4.1.2.13 / 4.2.1.11 / 5.3.1.1 / 5.3.1.9 / 5.4.2.12 84.62%
Pseudomonas aeruginosa PAO1 MAGs 1.1.1.38 / 1.2.1.12 / 2.7.2.3 / 2.7.9.2 / 3.1.3.11 / 4.1.1.49 / 4.1.2.13 / 4.2.1.11 / 5.3.1.1 / 5.3.1.9 / 5.4.2.12 84.62%
Shewanella piezotolerans WP3 MAGs 1.1.1.38 / 1.1.1.40 / 1.2.1.12 / 2.7.2.3 / 2.7.9.2 / 3.1.3.11 / 4.1.1.49 / 4.1.2.13 / 4.2.1.11 / 5.3.1.1 / 5.3.1.9 84.62%
Pseudomonas syringae pv. syringae MAGs 1.1.1.38 / 1.1.1.40 / 2.7.2.3 / 2.7.9.2 / 3.1.3.11 / 4.1.1.49 / 4.1.2.13 / 4.2.1.11 / 5.3.1.1 / 5.3.1.9 / 5.4.2.12 84.62%
Deinococcus geothermalis DSM 11300 MAGs 1.1.1.38 / 1.1.1.40 / 1.2.1.12 / 2.7.2.3 / 2.7.9.2 / 4.1.1.49 / 4.1.2.13 / 4.2.1.11 / 5.3.1.1 / 5.3.1.9 / 5.4.2.12 84.62%
Escherichia coli O157:H7 MAGs 1.1.1.38 / 1.2.1.12 / 2.7.2.3 / 3.1.3.11 / 3.1.3.74 / 4.1.1.49 / 4.1.2.13 / 4.2.1.11 / 5.3.1.1 / 5.3.1.9 / 5.4.2.12 84.62%
Bacteroides fragilis NCTC 9343 MAGs 1.1.1.40 / 1.2.1.12 / 2.7.2.3 / 2.7.9.2 / 3.1.3.11 / 4.1.1.49 / 4.1.2.13 / 4.2.1.11 / 5.3.1.1 / 5.3.1.9 / 5.4.2.12 84.62%