superpathway of pyrimidine ribonucleotides de novo biosynthesis

Metabolites

CO2

Formula: CO2 (43.98983)

CAS ID: 124-38-9

Diphosphate

Formula: H4P2O7 (177.9432294)

CAS ID: 2466-09-3

H+

Formula: H (1.0078246)

CAS ID: 12408-02-5

H2O

Formula: H2O (18.0105642)

CAS ID: 7732-18-5

HCO3-

Formula: HCO3 (60.9925696)

CAS ID: 71-52-3

Ubiquinone-1

Formula: C14H18O4 (250.1205028)

CAS ID: 727-81-1

QH(2)

Formula: C14H20O4 (252.136152)

CAS ID: 52590-98-4

L-aspartate(1-)

Formula: C4H6NO4 (132.0296816)

CAS ID:

ATP(4-)

Formula: C10H12N5O13P3 (502.9644492)

CAS ID:

UDP(3-)

Formula: C9H11N2O12P2 (400.9787246)

CAS ID: 86527-70-0

ADP(3-)

Formula: C10H12N5O10P2 (424.0059412)

CAS ID:



Enzyme

EC Number name full name note
2.1.3.2 aspartate carbamoyltransferase carbamoyl-phosphate:L-aspartate carbamoyltransferase
2.4.2.10 orotate phosphoribosyltransferase orotidine-5'-phosphate:diphosphate phospho-alpha-D-ribosyl-transferase
2.7.4.22 UMP kinase ATP:UMP phosphotransferase
2.7.4.25 (d)CMP kinase ATP:(d)CMP phosphotransferase
4.1.1.23 orotidine-5'-phosphate decarboxylase orotidine-5'-phosphate carboxy-lyase (UMP-forming)
6.3.4.2 CTP synthase (glutamine hydrolysing) UTP:ammonia ligase (ADP-forming)


Pathway Source

Organism Taxonomy Group Enzyme List Source Ratio
Escherichia coli K-12 MAGs 2.1.3.2 / 2.4.2.10 / 2.7.4.22 / 2.7.4.25 / 4.1.1.23 / 6.3.4.2 100.00%
Acinetobacter baylyi ADP1 MAGs 2.1.3.2 / 2.4.2.10 / 2.7.4.22 / 2.7.4.25 / 4.1.1.23 / 6.3.4.2 100.00%
Streptomyces halstedii bacteria 2.1.3.2 / 2.4.2.10 / 2.7.4.22 / 2.7.4.25 / 4.1.1.23 / 6.3.4.2 100.00%
Streptomyces albogriseolus bacteria 2.1.3.2 / 2.4.2.10 / 2.7.4.22 / 2.7.4.25 / 4.1.1.23 / 6.3.4.2 100.00%
Pyrococcus horikoshii OT3 MAGs 2.1.3.2 / 2.4.2.10 / 2.7.4.22 / 2.7.4.25 / 4.1.1.23 / 6.3.4.2 100.00%
Mycobacterium tuberculosis CDC1551 MAGs 2.1.3.2 / 2.4.2.10 / 2.7.4.22 / 2.7.4.25 / 4.1.1.23 / 6.3.4.2 100.00%
Bacillus anthracis bacteria 2.1.3.2 / 2.4.2.10 / 2.7.4.22 / 2.7.4.25 / 4.1.1.23 / 6.3.4.2 100.00%
Synechocystis sp. PCC 6803 bacteria 2.1.3.2 / 2.4.2.10 / 2.7.4.22 / 2.7.4.25 / 4.1.1.23 / 6.3.4.2 100.00%
Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida MAGs 2.1.3.2 / 2.4.2.10 / 2.7.4.22 / 2.7.4.25 / 4.1.1.23 / 6.3.4.2 100.00%
Mycobacterium tuberculosis H37Rv MAGs 2.1.3.2 / 2.4.2.10 / 2.7.4.22 / 2.7.4.25 / 4.1.1.23 / 6.3.4.2 100.00%
Prochlorococcus marinus str. MIT 9313 MAGs 2.1.3.2 / 2.4.2.10 / 2.7.4.22 / 2.7.4.25 / 4.1.1.23 / 6.3.4.2 100.00%
Yersinia pestis bacteria 2.1.3.2 / 2.4.2.10 / 2.7.4.22 / 2.7.4.25 / 4.1.1.23 / 6.3.4.2 100.00%
Shigella flexneri bacteria 2.1.3.2 / 2.4.2.10 / 2.7.4.22 / 2.7.4.25 / 4.1.1.23 / 6.3.4.2 100.00%
Thermococcus kodakarensis KOD1 MAGs 2.1.3.2 / 2.4.2.10 / 2.7.4.22 / 2.7.4.25 / 4.1.1.23 / 6.3.4.2 100.00%
Halobacterium salinarum NRC-1 MAGs 2.1.3.2 / 2.4.2.10 / 2.7.4.22 / 2.7.4.25 / 4.1.1.23 / 6.3.4.2 100.00%
Escherichia coli O157:H7 MAGs 2.1.3.2 / 2.4.2.10 / 2.7.4.22 / 2.7.4.25 / 4.1.1.23 / 6.3.4.2 100.00%
Pseudomonas syringae pv. syringae MAGs 2.1.3.2 / 2.4.2.10 / 2.7.4.22 / 2.7.4.25 / 4.1.1.23 / 6.3.4.2 100.00%
Paraburkholderia graminis bacteria 2.1.3.2 / 2.4.2.10 / 2.7.4.22 / 2.7.4.25 / 4.1.1.23 / 6.3.4.2 100.00%
Prochlorococcus marinus str. MIT 9312 MAGs 2.1.3.2 / 2.4.2.10 / 2.7.4.22 / 2.7.4.25 / 4.1.1.23 / 6.3.4.2 100.00%
Oryza sativa Japonica Group MAGs 2.1.3.2 / 2.4.2.10 / 2.7.4.22 / 2.7.4.25 / 4.1.1.23 / 6.3.4.2 100.00%